L’Association de Presse France-Japon tire ses ressources des cotisations de ses membres ainsi que des subventions qui lui sont attribuées par différents organismes ou entreprises publics ou privés. Elle se voit également attribuer des dons destinés à son fonctionnement, aux bourses qu’elle attribue chaque année, ainsi qu’aux nombreuses manifestations qu’elle organise ou auxquelles elle participe.